严海东，特聘教授，博士生导师。本科和硕士毕业于四川农业大学，博士毕业于美国弗吉尼亚理工大学并在美国佐治亚大学从事博士后研究，2024年以领军人才引进四川农业大学，同年入选国家海外高层次人才，国家重点研发计划（青年项目）首席科学家，获评四川省“天府峨眉计划”青年人才，成都市“蓉漂计划”专项人才。博士阶段开发了3款生物信息软件用于解析复杂牧草基因组、单细胞组，构建了全球首个牧草（美洲狼尾草）泛基因组并发现结构变异在耐热机制中的关键作用。博士后从事草类植物单细胞组学研究，从进化角度阐述了非编码区开放染色质区域在草类植物中的进化关系。目前，专注于利用多组学手段研究草类植物（如美洲狼尾草）的抗逆分子机制。以物理第一作者在《Nature Genetics》、《Nature Plants》、《New Phytologist》、《Plant Communications》、《Journal of Experimental Botany》和《Theoretical and Applied Genetics》等期刊共计发表SCI论文13篇，主研选育国审品种1个。参编英文专著1部《Modeling Transcriptional Regulation》；主持国家级项目3项，省级项目2项。现为《Grass Research》客座编辑，《Horticulture Research》和《Journal of Integrative Agriculture》青年编委。
教育经历：
2017.08-2020.05，美国弗吉尼亚理工大学，生物信息学，博士
2014.09-2017.06，四川农业大学，草学，硕士
2010.09-2014.06，四川农业大学，草业科学，学士
工作经历：
2024.06-目 前，四川农业大学，草业科技学院，特聘教授
2020.06-2024.05，美国佐治亚大学，遗传学，博士后
科研工作：
在博士阶段开发了3款生物信息软件用于解析复杂牧草基因组、单细胞组，构建了全球首个牧草（美洲狼尾草）泛基因组并发现结构变异在耐热机制中的关键作用。博士后主要从事草类植物单细胞组学研究，从进化角度阐述了非编码区开放染色质区域在草类植物中的进化关系。目前，专注于利用多组学手段对草类植物（以美洲狼尾草为主）的抗逆机制研究。
主要研究方向：
1.草类植物生物信息软件开发
2.草类植物逆境胁迫资源挖掘与分子机制解析
代表性研究项目：
1. 国家优秀青年科学基金项目（海外），牧草基因组学，2025-2027，主持。
2. 国家重点研发计划青年科学家项目，狼尾草和紫花苜蓿适应高温与盐碱的分子机制解析，2024/12-2027/11，主持。
3. 四川省国际合作项目，狼尾草耐高温胁迫的顺式调控元件鉴定和功能解析，2025/01-2026/12，主持。
代表性文章：
1. Haidong Yan*, John P. Mendieta, Xuan Zhang, Ziliang Luo, Alexandre P. Marand, Yan Liang, Mark A. A. Minow, Yun Zhong, Yarong Jin, Hosung Jang, Xiang Li, Xinxin Zhang, Thomas Roulé, Doris Wagner, Xiaoyu Tu, Yonghong Wang, Daiquan Jiang, Silin Zhong, Linkai Huang, Susan R. Wessler & Robert J. Schmitz*. 2025. A single-cell rice atlas integrates multi-species data to reveal cis-regulatory evolution. Nature Plants.
2. Haidong Yan, Yarong Jin, Haipeng Yu, Chengran Wang, Bingchao Wu, Chris Stephen Jones, Xiaoshan Wang, Zheni Xie & Linkai Huang 2024. Genomic selection for agronomical phenotypes using genome-wide SNPs and SVs in pearl millet. Theoretical and Applied Genetics 137: 244.
3. Yan H, Sun M, Zhang Z, Jin Y, Zhang A, Lin C, Wu B, He M, Xu B, Wang J, Qin P, Mendieta JP, Nie G, Wang J, Jones CS, Feng G, Srivastava RK, Zhang X, Bombarely A, Luo D, Jin L, Peng Y, Wang X, Ji Y, Tian S, Huang L. 2023. Pangenomic analysis identifies structural variation associated with heat tolerance in pearl millet. Nature Genetics 55:507-518.
4. Min Sun†, Haidong Yan†, Aling Zhang, Yarong Jin, Chuang Lin, Lin Luo, Bingchao Wu, Yuhang Fan, Shilin Tian, Xiaofang Cao, Zan Wang, Jinchan Luo, Yuchen Yang, Jiyuan Jia, Puding Zhou, Qianzi Tang, Chris Stephen Jones, Rajeev K. Varshney, Rakesh K. Srivastava, Min He, Zheni Xie, Xiaoshan Wang, Guangyan Feng, Gang Nie, Dejun Huang, Xinquan Zhang, Fangjie Zhu, Linkai Huang. 2023 Milletdb: a multi-omics database to accelerate the research of functional genomics and molecular breeding of millets. Plant biotechnology journal 21 (11): 2348-2357. (†These authors contributed equally).
5. Yan H, Lee J, Song Q, Li Q, Schiefelbein J, Zhao B, Li S. 2022. Identification of new marker genes from plant single‐cell RNA‐seq data using interpretable machine learning methods. New Phytologist 234:1507-1520.
6. Yan H, Haak DC, Li S, Huang L, Bombarely A. 2022. Exploring transposable element-based markers to identify allelic variations underlying agronomic traits in rice. Plant Communications 3:100270.
7. Yang Z, Yan H†, Wang J, Nie G, Feng G, Xu X, Li D, Huang L, Zhang X. 2022. DNA hypermethylation promotes the flowering of orchardgrass during vernalization. Plant physiology 190: 1490-1505. (†These authors contributed equally).
